供应链的成功和建立核心优势的关键之一是一体化经营，其通过整合从原材料到最终消费者之间连续不断的物流、高效的资金流以及整个链条上正向和反向的集成化信息流来实现一体化运作。如果供应链成员在流程、作业和系统方面没有进行整合，整条供应链的运作就不存在成功的可能。
整合的优势包括质量的改进、共享的创新、成本的降低以及生产和配送计划的改善。
供应链的整合表现在：
1、内部整合
取得供应链整合的第一步是通过供应链上每个企业的内部检查，判断其内部流程是否已经理顺并予以整合。没有正确的内部整合，整个供应链就无法有效完成一体化运营。传统上对职能分离的认识需要转变为客户导向的整体的物流观点。
简言之，除了各分离职能和策略，企业更需要将其内部职能间的流程理顺，以提供特定产品和服务的价值。在整合概念出现之前，分离的职能都具有各自的目标和策略，例如生产部门的目标是生产什么和生产多少；财务部门的目标是关心投资和回报的问题；制造部门的目标是关心加工过程中的操作效率（如长时间持续生产、减少备机和换产次数以及标准化产品）;市场部门的目标就完全不同了，它强调产品多样性、服务高水平。
由于自身利益最大化的原因，职能部门会设定自身的目标，为了争取资源并且证明其职能目标是最具价值的，不同的职能部门之间会发生冲突和斗争。内部整合就是要使得企业内部的目标协调，从而实现内部各项职能的策略相互匹配，并与企业和供应链的市场战略一致。
内部价值链中的活动可以分为两种类型：主要活动和支持活动。主要活动（也称“直线职能”）与产品的有形创造以及营销、货品交付以及售后支持有关。支持活动（也称“流程职能”）是对企业提供全方位的支持以保证企业主要活动顺利运行的基础结构。利润也包括在价值链里面，它的表象是由客户按价支付所带来的，但实际上可以看作是企业创造价值的回馈。
2、外部整合和关系管理
只有在内部整合完成，并且各职能策略协调完毕时，外部整合才开始。要实现供应链的竞争力，就必须在供应链成员间建立一致的目的、目标和准则，消除彼此之间的冲突。当探讨外部和其他供应链成员的整合时，必须用系统的观点来审视供应链，包括客户服务、分销、制造和采购等环节，以便提高服务水平的同时降低成本。
例如，整合的观点之所以必要是由于某个企业内部为了降低成本和缩短前置期，造成了其他供应链成员成本的上升，结果将成本和延迟直接转嫁给最终客户，引起更高的价格和客户的不满。因此，企业不得不考虑供应链上的所有流程和成本问题。简言之，一个企业物流战略需要紧密地和供应链整体战略进行整合。
供应链管理解决的是贯穿于整个系统的运输、配送和库存的运作效率和成本效益问题。供应链管理重视影响成本的每个环节，并且扮演着向客户提供产品和服务的角色。更深层次的整合理念是能力和竞争力的共享。早期的观点认为企业是单独的竞争性实体，不依赖于其他供应商或者客户。然而，在供应链管理上每个供应链成员都明白他们不可能在每项活动上都做到最好，他们需要依靠企业外部的能力。制定战略时必须考虑每个供应链成员应投入或履行哪些活动或能力，哪些采用外包，以便为整个供应链增加价值。由于能力整合和依靠外部企业的需要，供应链管理的重点是开发和了解合作、信任以及关系管理。
关系有很多种类型，包括单一来源、多重来源、合作、协同以及对抗。供应链管理中很多关系都是基于伙伴关系的理念，旨在建立互利的长期关系。与合资企业不同的是，这种关系通常并不涉及股份权益或派往人员到对方企业。伙伴关系也扮演着阻碍竞争者进入的角色。